真菌毒素又稱霉菌毒素，是一類由真菌在食品或飼料里生長代謝產生的化合物，具有毒性。真菌毒素通常存在于糧食作物等食物中，對人體健康具有極大危害。真菌毒素的檢測和控制已經成為全球食品安全評估的重要工作。
真菌毒素是真菌在適宜溫濕度條件下產生的次級代謝產物，對農產品、中藥材等植物性產品造成污染。目前，分離鑒定出的真菌毒素已有400多種，包括黃曲霉毒素（AF）、赭曲霉毒素（OT）、玉米赤霉烯酮（Zearalenone，ZEN）、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇毒素（DON）、伏馬菌素（Fumonisin，FB）、T-2毒素（T-2）等。真菌毒素具有強毒性、致癌性、神經毒性和免疫抑制等作用，對人和動物健康造成嚴重威脅。
可靠的分析方法是生產質量控制、健康風險評估和確保食品安全關鍵。真菌毒素的檢測方法有薄層色譜法（TLC）、高效液相色譜法（HPLC）連接不同的檢測器、液相色譜-質譜聯用（LC-MS）、液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS）等，還有免疫分析法，如酶聯免疫吸附測定（ELISA）和基于免疫親和的快速檢測技術。
其中薄層層析法、酶聯免疫法等傳統的分析方法成本較低，易于實現，但已經不能滿足目前痕量真菌毒素檢測和多種真菌毒素同時檢測的需求。而液質聯用技術同時具備高效液相色譜的高效分離和質譜的高靈敏度特點，目前色譜技術占主導地位。
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